紅五軍上了井岡山的消息，很快傳至南京，引起了蔣介石集團的強烈不滿。立刻撤換朱培德，委任魯滌平為江西省省長，委任何鍵為“湘贛剿匪總指揮部”代總指揮，指令立即發動對井岡山第三次“會剿”。

實際上，湘贛兩省敵軍對紅軍和井岡山革命根據地進行第三次“會剿”計劃蓄謀已久。自7月中旬第二次“會剿”破產后，即開始了策劃第三次“會剿”的準備。據1928年11月10日的《申報》 披露：“此次會剿計劃，對于信號旗幟路線動作規定甚詳，大致如下：（甲）會剿部隊，贛省為4旅，湘省為6團。贛省部隊，已經朱培德規定第五師第十四旅周澤源（此處有誤，應為周渾元——編者注）、第十五旅劉士毅、第七師第二十一旅楊池生（此處有誤，應為 李文彬一編者注）、第十二師第三十五旅韋杵；湘省部隊，經魯滌平派定何鍵部2團、吳尚3團、第二軍1團。（乙）會剿計劃：劉士毅、楊池生（此處有誤，應為李文彬——編者注）兩旅由遂川向大小五井進剿，韋杵、周澤源（此處有誤，應為周渾元——編者注） 兩旅由寧岡向井岡山進剿，何鍵部兩團由桂東向江西大小五井進剿， 吳尚部3團由茶、攸向井岡山進剿，第二軍之1團由醴陵向攸縣推進，為吳尚部預備隊。（丙）會剿日期：由何鍵臨時規定，惟各會剿部隊統限于11月10日以前集中完竣，聽候定期同時動員。”

11月下旬，朱培德委任第七師師長王均、第十二師師長金漢鼎為江西“剿匪”正、副指揮，調集十四、十五、十九、二十一、三十四、三十五等旅，從吉安分路向寧岡、永新、蓮花進攻。結果，因湘軍魯滌平積極性不高，未按原定計劃出動，贛軍歷次“進剿”均為朱毛所敗，心虛膽怯，不敢貿然深入，故11月擬訂的“會剿”計劃未能實現。

12月下旬，魯滌平就任湘贛兩省“會剿”總指揮、國民黨江西省政府主席，隨即派代表唐希汴赴湘敦促何鍵就任湘贛“剿共”總指揮部代總指揮，迅速出師“會剿”。1929年1月1日，元旦伊始， 湘贛“會剿”總部在江西萍鄉成立，何鍵宣誓出任代總指揮，金漢鼎為副總指揮，確定6旅人馬計18個團，分5路向井岡山撲來。其兵力部署為：第一路為贛敵李文彬的第二十一旅和劉士毅的十五旅，分別駐遂川和贛州，李文彬為司令；第二路為張興仁的第三十五旅和周渾元的三十四旅，駐泰和、永新一線，張興仁為司令；第三路為湖南王捷俊部3個團，駐江西的蓮花，王捷俊為司令；第四路為吳尚部1個旅，駐酃縣、茶陵，吳尚為司令；第五路為劉建緒部，駐湖南的桂東，劉建緒為司令。何鍵命令各路部隊于1月10日前進入指定地點，實行層層包圍、步步緊逼、最后合圍之策，一舉消滅朱毛紅軍，蕩平井岡山。

敵人“會剿”的消息很快傳到了邊界紅軍總部。毛澤東、朱德、陳毅、彭德懷、滕代遠等都感到事態的嚴重。當時紅軍充其量不過四個團。面對強敵壓境，1929年1月4日至7日，前委、特委、紅四軍和紅五軍軍委、各縣縣委、團特委在寧岡縣柏路村橫店召開聯席會議，毛澤東主持大會。與會人員發生了激烈爭論，有的主張憑險死守，有的主張到湘鄂贛去，有的主張到湘南去，有的主張到贛南去。毛澤東在冷靜分析形勢后指出，在當前敵我力量懸殊的情況下，憑險死守于我軍不利，且敵來勢洶洶，加上寒冬季節已到，我軍物資菲薄，雖有群眾援助，也難以取勝。但是井岡山革命根據地又不能放棄，要保住經營年余的井岡山根據地這塊紅色政權，不能死守，必須采取積極的行動，鉆敵人的空子。敵人從這邊打來，我們就從那邊打出去，迂回敵后，使敵人窮于應付，求得在外線消滅敵人的有生力量，打破敵人的“會剿”。會議最后決定采取毛澤東的主張，由彭德懷、滕代遠領導紅五軍和紅四軍三十二團等守山， 毛澤東、朱德則率紅四軍主力下山，出擊贛南，吸引敵人，實施 “圍魏救趙”之策以解井岡山之圍。

1929年1月14日，紅四軍主力3600余人，在毛澤東、朱德率領下，兵分兩路從茨坪、小行洲出發，冒雪向贛南出擊。一年來朱、毛紅軍的深情，讓井岡山人民深深感到了革命的利益所在，井岡山的人民舍不得紅軍離開。下山的那天，紅五軍、紅三十二團的指戰員，及山上山下的群眾近千人冒著紛飛的大雪，自動地站在路的兩邊，為紅四軍主力部隊送行。送行的群眾將帶來的熟蛋、布鞋、煙葉等，一一往戰士們的荷包里塞。戰士們拉著老表們的手，誰也舍不得分開，場面異常悲壯動人。

紅軍主力離開后，彭德懷、滕代遠、張子清、何長工、王佐等領導守山軍民，對堅守井岡山作了周密的布置。以李燦率紅五軍第一大隊、徐彥剛帶領的紅三十二團一連防守黃洋界，抗擊湘敵王捷俊部；賀國中率第八大隊和寧岡赤衛大隊一部防守桐木嶺的白泥湖陣地；黃云橋率第九大隊扼守桐木嶺的梨坪，抗擊贛敵周渾元第三十四旅和張興仁第三十五旅之一部；彭包才率第十大隊和教導隊一部扼守八面山，抗擊湘敵第八軍吳尚部；黃龍率第十二大隊及酃縣赤衛大隊、遂川赤衛大隊一部把守雙馬石哨口和荊竹山一線；王佐率三十二團二連和遂川赤衛大隊一部擔任朱砂沖哨口的防守任務， 抗擊李文彬第二十一旅之一部和反動地方武裝。同時，動員山上軍民在上述五大哨口加固工事，在哨口前面筑起一道道竹釘陣，籌集糧食，運送彈藥，搶護傷員，為保衛井岡山軍事根據地做好軍事和物資上的準備。

紅四軍主力下山后，何鍵即令進至遂川的第一路李文彬的第二十一旅、進至資興的第五路劉建緒部，會同贛州的劉士毅第十五旅，向贛南追擊紅四軍主力。命令進至永新一線的第二路張興仁第三十五旅、周渾元第三十四旅，進至蓮花的第三路王捷俊部一個團，進至酃縣、茶陵一線的第四路吳尚部一個旅，向井岡山逼近，緊縮包圍圈。1929年1月27日至29日，湘贛兩省敵軍10余個團，向黃洋界、八面山、桐木嶺三大哨口發起猛攻。面對敵人的步步進逼，守山部隊在彭德懷、滕代遠、何長工等領導指揮下，同敵人進行了三 天三夜的浴血鏖戰。守衛八面山哨口的100多名紅軍指戰員全部壯烈犧牲。攻打黃洋界哨口的敵兵，收買了一個游民，沿著他平時捉石蛙的一條小溪，插進了小井村，燒毀小井紅軍醫院，并直取黃洋界，致使黃洋界哨口腹背受敵。守衛黃洋界哨口的官兵，在李燦、徐彥剛的率領下，解下綁腿，砍來葛藤，結成長繩，滑下懸巖，退入深山。隨后，敵人直逼茨坪。情況異常危險。彭德懷、滕代遠只得招攏剩余的守山部隊，約500余人，沿著朱砂沖不足一尺寬的懸巖小道，在荊竹山集合后，向南突圍。

敵人占領井岡山軍事根據地后，2月又調集贛敵第五師第十四旅、第十二師第三十五旅計四個團的兵力，向九隴山軍事根據地發動了猛烈攻擊。堅守在九隴山的永新、蓮花、茶陵縣赤衛大隊，在劉作述、鄢輝等指揮下，憑險抵抗，然終因寡不敵眾，丟守陣地。 至此，第三次反“會剿”失敗了。但彭德懷、滕代遠等領導指揮下的守山部隊在戰斗中表現出來的頑強不屈的精神，是非常可貴的。 同時，由于紅五軍等守山部隊在堅守井岡山的過程中，拖住了敵人，也為紅四軍出擊贛南贏得了時間，創造了條件。

紅四軍主力離開井岡山后，在毛澤東、朱德帶領下，沿著羊腸小道，冒著風雪疾進，部隊經遂川大汾、左安，在大汾殲滅前來堵截的一營敵人，跳出敵人的重圍后，于1929年1月進入贛南地區的上猶、崇義地區，在敵軍的追擊下，迭遭失利，幾乎陷人絕境。1 月22日，紅四軍攻擊大余縣城，24日，敵李文彬旅圍攻大余縣城， 與紅四軍展開激戰，紅四軍由于長途跋涉，兵馬勞頓，倉促應戰， 傷亡很大。為突出重圍，紅二十八團黨代表何挺穎身負重傷，幾天后夜行軍時突遭敵襲，何挺穎從馬上摔下犧牲。獨立營營長張威亦不幸犧牲。離開大余后，部隊折向信豐、全南、龍南、定南以及尋烏等地，在尋烏項山，又與劉士毅部交手，由于倉促突圍，朱德妻子伍若蘭為掩護軍部轉移，腿部受傷，不幸落人敵手，受盡折磨后， 堅貞不屈，壯烈犧牲，年僅23歲。部隊的連續失敗，損兵折將，使毛澤東、朱德感到十分困惑和痛苦。為了扭轉戰局，2月10日，紅軍主力折回瑞金大柏地，此時，贛敵劉士毅仍緊追不舍。為了擺脫追敵、鼓舞士氣，毛澤東、朱德決定利用大柏地的有利地形，痛擊劉士毅部。部署停當后，部隊進入陣地，至下午2時左右，敵劉士毅部進入紅軍的伏擊圈。戰斗打至傍晚，終于將敵人打垮，殲敵 1500余人，生俘800余人，振奮了軍心，這是紅四軍轉戰贛南以來的首次大捷。隨后進人到吉安東固地區。1929年2月20日，與李文林等領導的江西紅二、四軍團在東固螺坑勝利會師，休整了非常寶 貴的一個星期。

在東固，毛澤東、朱德等聞知井岡山失守的消息。毛澤東、朱德及紅軍將士都甚感沉痛。這時，贛敵李文彬部正向東固逼近，金漢鼎部也向東固取進擊之勢，于是，毛澤東根據東固前委會議的決議，放棄原定的固定區域的公開割據政策，釆取變幻不定、變定不居的“打圈子”游擊政策，離開東固，出擊贛南、閩西。毛澤東、朱德的這一決策，不僅使紅四軍從而走出了低谷，而且為開創贛南閩西革命根據地，形成中央革命根據地打下了堅實的基礎。

2月25日，紅四軍離開東固，經永豐、寧都、廣昌，再折至瑞 金壬田。3月上旬，紅四軍揮師入閩。3月14日在長嶺寨與敵郭鳳鳴一戰，大獲全勝，并擊斃了閩西土著軍閥郭鳳鳴，隨即占領汀州。在汀州，紅四軍補充了大量軍需，并在汀州附近對紅四軍的組織系統進行了改編，將部隊編成了三個縱隊，爾后回師贛南。4月1日， 紅四軍回到瑞金，與先期到達瑞金的紅五軍會合。

4月3日，前委在瑞金收到了中央的“二月來信”。中央的這封信是2月7日發出的。這封信，向紅四軍前委介紹了當前的國際國內形勢，著意強調了城市工作的重要性，對在農村的紅軍前途作了較為悲觀的估量。來信提出紅四軍必須分成小部隊的組織，“散入湘、贛邊境各鄉村中進行和深入土地革命”，以“避免敵人目標的集中和便于給養與持久”，并提出朱德、毛澤東“離開部隊”，“速來中央”。毛澤東認為“‘二月來信’的精神是不好的”，為此專門召開了前委會議。前委會上絕大多數同志都深有同感，不同意朱、毛離開部隊，并要毛澤東代表前委給中央復信。4月5日，毛澤東代表前委在復信中以紅四軍的切身體會，說明了分兵游擊的危害，并提出了一年爭取江西同時兼及閩西浙西的計劃。同時，提出如要朱、毛離開部隊，請中央派劉伯承、惲代英兩人來接替，以利工作。

中央收到此信后，在周恩來的努力下，沒有堅持原議，朱、毛因此也沒有離開紅四軍。4月11日，前委又在于都召開會議，會后，紅五軍返回井岡山收復失地，紅四軍在贛南分兵，開始了新的斗爭。

但是，隨著斗爭的深人，紅四軍黨內的無產階級思想與非無產階級思想的分歧，愈來愈明朗化，加之紅軍處于初創時期，紅四軍黨內對黨和軍隊建設的許多問題認識不一致，由此產生了激烈的爭論。爭論的主要問題為：一是關于黨對軍隊的領導問題；二是關于民主集中制問題；三是關于反對軍閥主義殘余問題；四是關于建立根據地問題。這些爭論的焦點，后來集中在“要不要設立軍委”的 問題上。對此，朱、毛意見不一，毛澤東的有紅四軍前委，不再設立紅四軍軍委的主張沒有得到多數人的認同。為此，毛澤東提出 “堅辭”前委書記，并在6月14日復信林彪，認為爭論的實質是“軍黨部要不要的問題”，是“一個很嚴重的政治路線問題”，是“少數同志錯誤路線的結穴”，但未能在前委取得共識。

1929年6月22日，紅四軍前委在福建龍巖召開紅四軍黨的“七大”，試圖以會議的形式解決紅四軍黨內的爭論問題。會上，雖然毛澤東不要設立紅四軍軍委的主張占了上風，但最后在選舉紅四軍前委書記時，陳毅當選，毛澤東落選。

毛澤東在紅四軍黨的“七大”落選前委書記后，離開領導崗位，到福建的蚊洋一帶隱居養病讀書，歷時五個月之久。其間，陳毅去上海參加軍事會議，并向中央實事求是地匯報了紅四軍的工作。主持中央日常工作的李立三和主持中央軍委工作的周恩來，表示支持毛澤東回紅四軍前委主持工作，并于1929年9月28日發出《中央給紅四軍前委的指示信》，明確提出毛澤東“應仍為前委書記”。毛澤東獲悉中央“九月來信”的精神后，欣然于11月26日回到紅四軍任前委書記。

1929年12月28日，紅四軍“九大”在福建龍巖古田召開。由于有中央“九月來信”的指導，有毛澤東的正確領導及朱德、陳毅的協同努力，會議取得了令人滿意的效果。大會統一了思想，一致通過了《中國共產黨紅軍第四軍第九次代表大會決議案》（即古田會議決議）。大會最后改選了紅四軍前委，毛澤東當選為書記。

1929年末，紅四軍第一縱隊司令員林彪給毛澤東寫了一封《新年賀信》，提出“中國革命的高潮未必很快到來”等重重疑慮。針對來信，毛澤東在福建古田賴坊寫了《時局的估量與紅軍行動問題》 的長篇黨內通訊（即《星星之火，可以燎原》），于1930年1月5日 答復林彪，不僅尖銳批評了林彪等人沒有建立紅色政權的錯誤觀念，而且更為重要的是提出了黨的工作重心應該放在農村而不應該在城市的思想，構建了中國革命農村包圍城市的理論框架。

井岡山失守后，敵人對根據地實行了慘無人道的“石頭要過刀，茅草要過火，人要換種”的血腥政策。根據地邊界各縣的黨的組織遭到嚴重破壞。為了恢復邊界工作，1929年2月，邊界特委委員兼特委巡視員宛希先來到九隴山，召集寧岡、茶陵、永新三縣黨的負責人，召開聯席會議，成立了中共湘贛邊界臨時特委，以朱昌偕為書記，統一領導邊界斗爭和收容整理工作。臨時特委成立后，經過艱苦的斗爭，永新、茶陵、寧岡等黨組織得到一定的恢復健全，于3 月14日召開了邊界特委擴大會議，又產生了新的臨時特委，仍以朱昌偕為書記，邊界的各項工作又出現了勃勃生機。

1929年3月，蔣桂戰爭爆發，“會剿”占領井岡山的敵軍被調往前線。1929年4月底，紅五軍在彭德懷、滕代遠的率領下，奉前委的命令，重回井岡山。紅五軍的歸來，使邊界工作力量頓增，先后收復了遂川、寧岡兩縣城，取得了安福戰斗的勝利，攻克了永新縣城。攻克永新后，中共湘贛特委由大灣村遷至永新城。

1930年初，江西紅軍獨立二、三、四團合并，組成中國工農紅軍第六軍，（不久改為紅三軍），黃公略任軍長，劉士奇任政委（后為陳毅），下轄三個縱隊。然而，在革命形勢好轉和繁重的政治任務面前，贛西黨內一部分同志，卻在時局的估量和行動上產生了分歧。 為此，紅四軍前委于2月6日至9日，在吉安陂頭（現青原區瀆陂村）召集紅四、五、六軍委和贛西、贛南、湘贛邊界特委聯席會議， 史稱“二七陂頭會議”。陂頭會議討論了贛西南黨的任務，確定了攻取吉安的行動目標和戰略部署，通過了《二七土地法》，產生了統一 領導軍隊和幾塊根據地的領導機關——前委，毛澤東為書記。

幾乎與此同時，因受“左”傾錯誤的思想影響，在井岡山堅持斗爭的袁文才、王佐被錯殺。早在1929年1月柏露會議期間，毛澤東召集相關人員開了一個小范圍的會議，就中共六大決議案中關于 “殺戮土匪首領”問題進行了討論，毛澤東主張具體情況具體分析,不能殺袁文才、王佐，得到與會同志的贊成。1月14日，在紅四軍主力出擊贛南前，前委和毛澤東調袁文才為紅四軍參謀長，隨紅四軍出征。2月下旬，袁文才在隨紅四軍向贛南進軍的途中，發現了中共六大決議案中關于“殺戮土匪首領”的內容，極為恐懼，未向毛澤東、朱德請示就私自離隊，返回了寧岡。中共寧岡縣委給了袁文才一個“黨內警告”的處分，讓他擔任了寧岡縣赤衛大隊大隊長。

袁文才是寧岡客籍革命派首領。他的歸來，引發了土籍革命派龍超清等人的強烈不滿，激發了土客籍之間的矛盾。1930年1月下旬，在中央巡視員彭清泉的指導下，湘贛邊界特委、贛西特委、紅五軍軍委在遂川縣于田召開聯席會議。會議根據中共“六大”決議案的精神，作出了武力解決袁文才、王佐部隊的決定。

1930年2月24日拂曉，紅五軍抽調一個縱隊從安福至永新，暗中包圍了袁文才、王佐部隊，邊界特委書記朱昌偕等人闖人袁文才的房間，將尚不知情的袁文才打死在床上。王佐聽到槍聲，立即率其心腹刁飛林等騎馬向寧岡方向逃跑，不料通往寧岡的浮橋已被特委事先拆斷，不會游泳的王佐等被淹死在永新城東關潭里。袁、王部下被打死淹死骨干40余人，從此袁、王部隊不復存在。

從1930年4月底至9月初，贛西南特委在紅軍主力遠離贛西的情況下，組織其他紅軍及地方武裝，在數十萬群眾支持配合下，連續8次攻打吉安，雖然由于武器裝備太差，沒有奪取吉安城，但贛西紅色區域卻擴展到30余縣，使吉安城成為了紅色海洋中的一座孤島。10月4日，毛澤東率領紅軍主力從湖南長沙回師吉安，在工農群眾的配合下，發起“九打吉安”戰役，一舉攻克了吉安城。

1930年11月7日，毛澤東從峽江到吉安布置撤退，準備第一次反“圍剿”，途經吉水縣東塘村、大橋村，吉州區李家坊村、兩逸亭村，寫下了《東塘等處調查》。11月21日，毛澤東從吉安前往永豐，途經吉水縣木口村，寫下了《木口村調查》。這兩個調查，都是毛澤東利用短暫的休息時間，就二七陂頭會議后，土地斗爭開展的情況所做的。

紅軍攻克贛西南重鎮吉安，使整個贛江中段和南段連成了一片。此時，贛西南蘇區東起江西的吉安、泰和、遂川，西至湖南的茶陵、酃縣，北至江西的萍鄉、宜春、新余一帶，南至贛州的上猶、崇義山區，使湘東南蘇區與贛西南蘇區連成了一片，建立了以永新為中心的湘贛革命根據地。與此同時，以瑞金為中心的中央革命根據地開始崛起。

井岡山革命根據地是以毛澤東為代表的中國共產黨人在艱苦卓絕的斗爭中不斷探索武裝斗爭、土地革命、根據地建設，尋找中國革命道路的過程中創建的。在這個過程中，中國共產黨人對中國革命所面臨形勢有了進一步的了解，對中國革命道路的發展有了更清晰的認識，并在實踐中推動了馬克思主義中國化，這成為井岡山精神的重要實踐基礎。也正是這種實踐，才有了井岡山精神的產生。